Hellsing a eu à peine le temps de panser ses plaies après les très lourdes pertes subies, que ses membres sont obligés de repartir en mission. Ce qu'il reste de l'organisation et les mercenaires engagés pour l'occasion continueront leur enquête sur le mystérieux groupe Millenium, ce qui les conduira jusqu'en Amérique du Sud. Ils y seront obligés de se battre de nouveau contre de nouvelles menaces surnaturelles et terroristes. Débusqueront-ils enfin le groupuscule néo-nazi qui se cache derrière toutes ces horreurs ?