2036. Suite à une catastrophe nucléaire, toute la région de Tokyo a été contaminée par des rejets radioactifs et interdite d'accès. Pourtant, trois lycéennes sont envoyées sur place. Pas d'équipement, pas de protection : ce sont des Coppelion, des adolescentes génétiquement modifiées pour résister aux radiations et membres d'une brigade militaire spéciale.

Leur mission : sauver d'éventuels survivants de la ville fantôme.