Propulsé professeur pour parfaire sa formation d'apprenti magicien, le jeune Negi Springfield se voit confier la responsabilité d'une trentaine de collégiennes.

Le temps passe vite, avec ces jeunes filles souvent excentriques... Jusqu'au jour où une ombre inquiétante plane sur la classe. Pourrait-il s'agir d'un fantôme ?

Tiré de l'anime, Negima ! ? Neo propose une nouvelle vision de l'univers de Ken Akamatsu, avec un Negi dans sa prime jeunesse bien décidé, malgré tous les obstacles, à marcher sur les traces de son père, le légendaire Maître Thousand...