Directeur d'un orphelinat qui accueille des enfants magiques sur l'île de Marsyas, Arthur Parnassus mène une vie heureuse auprès de Linus Baker, ancien assistant social du ministère de la Jeunesse magique. Lorsqu'il est contraint de faire une déclaration publique sur son sombre passé, il lui faut faire preuve de courage et de détermination pour ne pas mettre en péril tout ce qu'il a construit.