Accusé de meurtres qu'il n'a pas commis, Kôtarô Kudô cherche à s'échapper de l'institut de Kokuyô où sont regroupés les jeunes assassins, pour retrouver sa petite soeur dont la santé est fragile. Il parvient presque à ses fins grâce au concours de sa camarade de classe Shôko Utsurogi, mais lorsqu'il est confronté à Aogiri, la commandante en chef des gardiens, il tente le tout pour le tout.