Le petit village de Fontaines paraît remonter à une haute antiquité. En 1857, M. Person, géomètre du cadastre, faisant exécuter des fouilles dans un de ses champs, au-dessus de la source de la Doua , mit à découvert plusieurs tombes de l'époque mérovingienne. Des crânes, des urnes, des armes incontestablement de cette époque y furent retrouvés. On les voit actuellement au musée de Saint-Germain, section des antiquités lorraines .

Situé à cinq kilomètres de Dun, à quatre de Liny, à un peu plus de trente de Verdun, Fontaines sous l'ancien régime dépendait au temporel de Chapitre de la Cathédrale de Verdun, qui en est le dernier seigneur connu. Un notaire capitulaire y était établi, et les habitants du pays appellent encore aujourd'hui «maison du notaire» une maison dont la porte d'entrée est surmontée d'un écusson aux armes du Chapitre.