Kyôko Sakura, se sentant responsable de la tragédie qui a emporté sa famille, s'enfonce dans la noirceur et décide de rompre son partenariat avec Mami.

Cette dernière s'allie avec Sayaka Miki, une nouvelle Puella Magi, et son amie Madoka Kaname.

Kyôko et Mami se retrouveront pourtant bientôt, mais la rencontre sera loin d'être amicale...