Arrivé à Wayward Pines, dans l'Idaho, depuis trois semaines, l'agent Ethan Burke constate les moeurs étranges des habitants, qui vouent un culte à David Pilcher, le fondateur de cette ville cernée par une immense clôture électrifiée empêchant toute sortie. Bientôt, il découvre la menace qui rôde au-delà de cette enceinte, sur le point de submerger la cité, voire l'humanité. Fin de la trilogie.