Une nuit, alors qu'Aya Asagiri, une jeune fille harcelée au collège et battue par son frère, pense encore au suicide, son ordinateur se connecte à un site Internet nommé Magical girl website. Un curieux personnage vient lui annoncer qu'elle a été choisie pour être une Magical girl et qu'une baguette magique lui sera remise. Dotée de pouvoirs, elle doit choisir entre pardonner ou sévir.