Sora et ses amis vivent paisiblement sur une ile paradisiaque. L'irruption des Sans-Coeurs, êtres énigmatiques tout droit sortis des Ténèbres, contraint Sora à se lancer dans une épopée rocambolesque. Rejoint par Donald et Dingo, à la recherche du Roi Mickey, il va devoir explorer de nombreux mondes issus de l'univers Disney, et affronter ses plus grands « méchants », à commencer par Maléfique, de La Belle au bois dormant.