Lorsqu'il était encore enfant Karoku servait de cobaye à Kafka, avant que ses parents ne trahissent l'organisation en prenant la fuite avec leur fils. Après des années en cavale, les trois fugitifs ont réussi à trouver refuge dans la forêt irisée, où la flore particulière crée des mirages qui transforment l'endroit en un vrai labyrinthe...

La famille prend petit à petit ses marques dans ce nouvel environnement lorsque le jeune homme tombe par hasard sur une créature étrange avec qui il finit par se lier d'amitié et qu'il décide d'appeler « Nai » ! Mais avec Kafka qui a des yeux partout cette vie paisible va-t-elle pouvoir durer ?