A l'époque de l'ère Edo (1603-87). Manji est un samouraï errant sur les routes du Japon. Il est immortel : afin d'expier les crimes qu'il a commis lorsqu'il était au service d'un cruel seigneur, il porte en lui un ver qui le guérit de toutes ses blessures. Il ne recouvrera sa mortalité qu'après avoir tué mille scélérats. Son chemin croise celui de Lin, une jeune femme en quête de vengeance.