Des années de guerre chimique, bactériologique et nucléaire entre les Sudiens et les Norts ont fait de la planète Nu Earth une terre désolée et toxique où les humains ne peuvent survivre sans combinaison de protection. Le Rogue Trooper, dernier survivant d'une unité de fantassins façonnés génétiquement, parcourt les ruines à la recherche des responsables de la mort de ses camarades.