Après avoir dérobé le Graal Supérieur de Fuyuki à la fin de la Seconde Guerre mondiale, la famille Yggdmillennia se sépare 60 ans plus tard de l'Association des Mages.

Leur rébellion provoque une division entre 2 factions de maîtres, invoquant chacun 7 esprits héroïques pour une guerre de front entre 14 Servants, le tout surveillé par Ruler, servant médiateur envoyé directement par le Saint Graal...

Confrontation entre Mordred - le Saber des Rouges, et le Saber des Noirs, miraculeusement ressuscité...