À peine libéré, Magnéto s'empresse de déclarer la fin de l'espèce humaine en commettant un terrible attentat. En réaction, les Ultimates sont réquisitionnés pour neutraliser les X-Men , coupables d'avoir caché le terroriste mutant. Bien que privés de leur leader Cyclope , manipulés par la Confrérie des Mutants et traqués par les super-héros, les élèves de Xavier doivent sauver le monde pour prouver leur innocence.