L'auto-organisation est au coeur des principaux débats théoriques en sciences de la vie. Les multiples enjeux de ce concept, qui met en oeuvre pratique interdisciplinaire et analyse critique sont étudiés. Présentation de la pertinence de ce concept et des modèles mathématiques qui lui sont liés dans plusieurs domaines, de sa dimension historique, ainsi que de la téléologie et de l'émergence.