Grâce à des origines inconnues, des créatures fictives commencent à envahir le monde... Pour les contrer, une seule solution : les Fibres de Chakra. Elles permettent de contrôler les forces élémentaires : eau, terre, feu, air et foudre. L'organisation ninja d'Asuna Kurokiya est chargée de contrer ces monstres et de les capturer pour maintenir la sécurité de notre planète.