La collégienne Madoka Kaname découvre ses pouvoirs magiques suite à sa rencontre avec Kyubey, qui insiste pour qu'elle devienne une Puella Magi afin de combattre les forces du mal. Akemi Homura, la nouvelle élève de sa classe, tente de l'en empêcher. Madoka comprend que son destin est sur le point de basculer.