En 2301, une jeune fille, Akari, se rend sur Aqua, anciennement Mars, colonisée par les hommes et où les conditions terrestres ont été recréées, notamment par la fonte volontaire des glaces des pôles donnant une planète recouverte d'eau à 90%. Elle débarque à Neo-Venezia, ville inspirée de Venise, dans le but de devenir une ondine et intègre la compagnie Aria tenue par un chat martien.