De 1521 à 1571, l'Inquisition mexicaine a revêtu la forme d'une Inquisition apostolique qui se caractérise par la toute-puissance que la métropole déléguait à l'inquisiteur, en l'absence de tout appareil inquisitorial. Cette Inquisition s'inscrit dans le prolongement de la conquête spirituelle et continue à poursuivre l'hérésie dans la colonie.