L'opposition entre laïcité et repli communautaire, qui cristallise les débats actuels au sein de la société française, s'enracine dans le processus spécifique d'intégration des minorités religieuses depuis le début du XIX^e siècle.

C'est en effet à cette époque que le régime napoléonien reconnaît et organise certains cultes. Ce nouvel encadrement juridique et institutionnel des cultes est illustré, localement, par le dynamisme des communautés juive et réformée de Marseille. Ainsi, en dépit des protestations suscitées par le principe d'un contrôle hiérarchique de l'État, les communautés juive et protestante conservent l'organisation administrative de leur culte après la promulgation de la loi de séparation des églises et de l'État du 9 décembre 1905.

La reconnaissance des cultes minoritaires par l'État français leur a conféré une existence officielle au sein de la nation française.