Retour d'une mission, l'équipage du Babel assiste, impuissant, à la destruction de l'île Moshchny, son refuge, dans une explosion nucléaire. Barricadés dans une station, les rescapés lancent un ultimatum à l'ensemble du métropolitain de Saint-Pétersbourg : si les responsables de cette abomination ne leur sont pas livrés sous une semaine, un gaz mortel balaiera tout le réseau. Les délégués réunis des grandes lignes souterraines décident de confier l'enquête à Taran, un stalker à la réputation sans tache.

Le compte à rebours pour la survie est lancé.