Le Choc des cent machines a abouti à l'annihilation pure et simple du camp du Bien. Dans une tentative désespérée de remonter le temps. God Ultimo provoqué une distorsion spatio-temporelle qui déchaîne la fin du monde...

XXI^e siècle, Tokyo Ouest, un jour avant le Choc des cent machines. Yamato a retrouvé sa vie de lycéen ordinaire, mais la vision de l'apocalypse causée par les Dôji demeure en lui. Il décide donc d'éviter à tout prix sa rencontre avec Ultimo. Mais si ses amis vivent à nouveau, c'est aussi le cas de ses pires ennemis.