Le 6 février 1998, le préfet de Corse Claude Érignac est assassiné à Ajaccio. Son successeur, Bernard Bonnet, est désigné pour conduire une opération « mains propres » dans l'île. Dès l'automne, grâce à un informateur anonyme, il découvre les mobiles, le nom du chef du commando et l'implication possible d'Yvan Colonna, alors que l'enquête judiciaire est égarée sur une fausse piste. Il apprend également qu'une première tentative d'attentat a échoué quelques semaines plus tôt.

Mais sa chute est programmée. L'affaire de la paillote Chez Francis, incendiée « sur son ordre » le 20 avril 1999, sert de prétexte pour le démettre de ses fonctions et le faire placer en détention provisoire. À l'issue d'une longue bataille judiciaire, les magistrats du continent renonceront à faire exécuter sa condamnation. Ses renseignements, en revanche, ne seront pas exploités par l'instruction. Quant à son témoignage, il sera écarté lors du procès. Pourquoi ?

La justice a condamné la quasi-totalité des membres du commando. Pour autant, l'exécution de Claude Érignac n'est pas entièrement élucidée. Qui a armé le bras des meurtriers ? À l'occasion du procès en appel d'Yvan Colonna, l'ancien préfet, enfin cité comme témoin, apporte des révélations capitales. Pour enfin briser les « silences du doute ».