La police enquête sur la disparition mystérieuse d'élèves d'un collège tokyoïte. C'est dans cette atmosphère inquiétante, qu'évolue Tôru, un adolescent introverti et solitaire, qui a pour seul ami Hikaru, un être invisible. Tourmenté par le souvenir de Kirishima, une des victimes du tueur, il se fait lui-même agresser. Invité à décrire son agresseur, Torû fait naître le doute chez les policiers.