Étape du commerce maritime arabe, Mombasa prospéra durant tout le Moyen-Âge. Cité swahilie, elle incarne la culture urbaine, africaine et musulmane qui s'est épanouie, depuis des siècles, le long des côtes de l'Afrique de l'Est.

Son histoire fut néanmoins mouvementée. Les Portugais s'en emparèrent en 1505 et construisirent un fort à l'entrée du port pour sécuriser leur nouvelle route commerciale vers les Indes. Convoitée par les Turcs puis par le sultan d'Oman, la ville fut le théâtre de luttes acharnées. Les Portugais combattirent valeureusement pour défendre l'un de leurs points d'ancrage en Afrique, mais ils furent vaincus en 1698 par le sultan d'Oman. Encerclés dans les murs de leur forteresse, affamés et pestiférés, ils ne capitulèrent qu'après un siège de trois années. Le Fort Jésus, qui surplombe toujours les rues de la vieille ville, témoigne de cet épisode. La période omanaise qui suivit fut marquée par le commerce des épices avec l'île de Zanzibar et par la vente des esclaves. Au vieux port, une cavité creusée dans la roche garde le souvenir de cet odieux trafic. Puis ce furent les Anglais qui vinrent s'installer... et qui amorcèrent le déclin de la ville swahilie, en créant leur capitale à Nairobi. Depuis, Mombasa a périclité.