Située dans la saga Star Wars entre L'attaque des clones et La revanche des Siths, cette série relate la guerre des clones opposant la République galactique du chancelier suprême Palpatine à la Confédération des systèmes indépendants, emmenée par le comte Dooku et le général Grievous. Avec toujours Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker, Mace Windu, Yoda, et de nouveaux personnages...