Démasqué et capturé par les Forces de Défense, qui le considèrent comme une menace, Kafka se trouve face au directeur Isao Shinomiya, venu en personne procéder à son exécution. Malgré ses efforts pour prouver sa nature d'être humain, Kafka perd rapidement la maîtrise de son pouvoir face à la puissance du Kaiju n° 2. Parviendra-t-il à reprendre le contrôle avant qu'il ne soit trop tard ?